下架了被质疑的虚假广告后，莎普爱思眼药水的包装又遇到了专利危机。
1月16日晚，莎普爱思公告称，公司的实用新型专利“一次性单剂量药用低密度聚乙烯滴眼剂瓶”被国家知识产权局宣布全部无效，该专利主要应用于公司单剂量苄达赖氨酸滴眼液产品的包装。公司目前正与有关律师事务所洽谈，准备提起行政诉讼。
单剂量苄达赖氨酸滴眼液产品，于2017年开始上市销售。莎普爱思公告显示，2017年1-9月，公司单剂量苄达赖氨酸滴眼液实现销量85.42万支（折算成5ML/支），营业收入2712万元，占苄达赖氨酸滴眼液营业收入的5.23%，公司营业收入的3.86%。（以上数据为合并报表数据且未经审计）
莎普爱思表示，单剂量苄达赖氨酸滴眼液在公司营业收入中的占比较低，“即使该实用新型专利被无效，也不会对公司苄达赖氨酸滴眼液产品的生产和销售产生重大影响。”
这对莎普爱思无疑是一个坏消息。此前备受关注的莎普爱思虚假宣传、临床疗效受质疑事件，已经对它旗下滴眼液的销售和生产造成了一定影响，只是尚未出现停产、销售受限的情况。
2017年12月2日，丁香医生的科普文章《一年狂卖7.5亿的洗脑神药，请放过中国老人！》掀起了一阵舆论风暴。关于莎普爱思的临床有效性与虚假广告的质疑随后引起了食药监总局的注意。12月6日，食药监总局督促莎普爱思生产企业启动临床有效性试验，并于三年内将评价结果报告总局药品审评中心。另外对它的广告也做出了要求，应当严格按照说明书适应症中规定的文字表述，不得有超出说明书适应症的文字内容。12月7号，莎普爱思发布公告，表示将会按照国家和浙江食药监局要求落实相关事项。从12月8号至12月17号，莎普爱思的股票连续停牌。
停牌期间，莎普爱思还曾发布两万字公告，在坚称药物疗效确切、此前的广告也符合相关规定外，表示会严格按照规定重启药品一致性评价、承诺以社会责任为前提减少药品广告投放。
莎普爱思事件也让其他存在虚假宣传、药效不明确的药品得到了关注。12月28日，食药监总局要求其他所有苄达赖氨酸滴眼液重启临床有效性试验。
